Nel cinquecento viene aperta una nuova porta di stile tardo-gotico ("Porta della Terra") ad opera della locale Università nell'anno 1583, verso il piano fucense in direzione di Celano e del sottostante Regio Tratturo: sulla stessa direzione si amplia l'abitato segnato in basso, fuori le mura, dalla chiesa di S. Rocco edificata nel 1546 con il suo portale decorato dal simbolo solare radiato di S. Berardino da Siena e, nella antica "Selva di Foce" (ora Cimitero di Celano), sorge il nuovo convento dei Cappuccini di S. Cristofaro in Subezzano, eretto nel 1572 e restaurato nel 1577 da Costanza Piccolomini d'Aragona; lungo il Rio di Aielli si sviluppano i Molini utilizzati nel periodo invernale e primaverile. Il paese si amplia con il suo 'burgo", dotato: di tre porte ("Montanara", "Jannetella" e "Nuova" o "Porta della Terra"); di una casa della Comunità de Ajello posta vicino il palazzo baronale e la Porta nuova; di una "spezieria" (Farmacia) e di un "furno"; del "Castello" con la sua torre cilindrica e la sua porta interna posta a contatto con la successiva "Torre dell'Orologio". La nascente comunità locale degli homines de Ajello, la Universitas, si dota dei bellissimi catasti preonciari ora conservati, insieme ad altri sei-settecenteschi, nella sede comunale. Nel 1589 sotto Alfonso Piccolomini, il paese raggiunge una popolazione di ben 1270 abitanti pari a 254 "fochi" con una rendita feudale pari a 168.4.9 ducati (Piccioni 1986,360). La chiesa parrocchiale della SS. Trinità viene eretta a Collegiata con un Preposto e due Canonici Concurati, mentre sei parroci avevano la cura delle cappelle di S. Agnese, di S. Martino, S. Pietro, S. Giovanni, S. Croce e S.Agnese: a contatto con la chiesa viene eretto il 17 luglio del 1537 l'oratorio ad opera dei Preposto Pauli Iacobutii il quale viene citato nel 1516 nella pisside di argento dorato della chiesa. Sotto il paese, a Bovezzo, era la chiesa e l'ospedale dedicato alla Madonna della Pace a cui, nel 1538, Giovangiacomo del Ferraro e la moglie Antonia donarono tutti i loro averi affinché si migliorassero gli ornamenti (Antinori Annali, XIX, 144). I successi secoli XVII e XVIII sono segnati da povertà, pestilenze e terremoti: è del 600' la famosa "peste nera" che interessò il Regno di Napoli ed anche la Marsica dal 14 ottobre del 1656 al 17 Agosto del 1657, che portò Aielli ad essere tassato nel 1669 per solo 109 "fuochi" (circa 545 abitanti), quindi un notevole abbassamento della popolazione rispetto ai 254 fuochi dei 1589 e i ben 278 del 1595 indicanti circa 1400 abitanti: nel 1797, dopo i terremoti del 1703, 1706, 1715, 1722, 1730, 1742 e 1744, il paese contava solo 918 abitanti (Giustiniani 1797, 77): a ricordo della peste, per voto, gli abitanti di Aielli fusero la campana, tuttora presente, con relativa iscrizione dell'evento sulla torre dell'edificio comunale. Gli abitanti sono in gran parte braccianti agricoli e non hanno commercio con i paesi vicini. Il territorio è occupato da oliveti, vigneti, piante di noci e mandorle, intercalati da campi seminati a grano, granturco e legumi. L'alimentazione è povera con un modesto apporto di carne dato dalla caccia sull'alto- piano di Cusano, nella località le "Pennine", dove si cacciano lepri, lupi, starne e pernici (Febonio 1668, III, 239; (Giustiniani, cit.). Nel paese sono operanti due notai (G. Nicolò Angeloni e Vincenzo Angelitti) e tre confraternite ("della SS.Trinità","del Rosario","del Suffragio"), mentre il vecchio ospedale di Bovezzo viene trasferito dentro le mura dell'abitato col nome di "Ospedale della Pace", in grado di ospitare" quattro infermi con le persone addette al servizio in tutto il corso dell'anno" (Di Pietro 1869, 20; Melchiorre 1984). Il settecento vede nascere il culto della Madonna della Vittoria nella chiesa di S. Rocco come documentato dalla statua lignea dipinta della chiesa, databile alla prima metà del XVIII secolo, detta anche "Madonna Piagniticcia". Un culto nato, come ricordato dalla tradizione orale, nel 1758 in occasione di una particolare siccità primaverile fermata dalle preghiere dei popolani rivolte alla statua descritta; da allora gli Aiellesi festeggiano la festa della Madonna della Vittoria, con la statua della Madonna posta all'ingresso del portale di S. Rocco nell'atto di invocare la pioggia proveniente dai monti dei Sirente (Nucci 1979).
Le vessazioni feudali e la povertà diffusa portano a fenomeni di brigantaggio soprattutto durante l'occupazione francese dei Regno di Napoli della fine del 700' con la figura di Padre Domizio Iacobucci di Aielli, dapprima frate al convento di Scurcola Marsicana e successivamente "brigante" al servizio delle forze antifrancesi della Marsica comandate dal generale Pronio: sono famose le sue azioni di attacco a Celano e il saccheggio di Avezzano nel 1806 e la sua definitiva resa al generale francese Partoune il 27 ottobre dello stesso anno (Amiconi 1987). La scarsa consistenza del feudo aveva nel tempo portato i Conti di Celano a venderlo spesso a partire da Alfonso Piccolomini che nel 1536 vendette il paese a Gio. Carlo Silverio che segnò il paese con il suo simbolo dei bastoni e successivamente confermata al successore Silverio de Silveriis: nel 1601 era feudo di Metello di Ruggiero e Acqua della Mela per poi passare al figlio di Metello; nel 1767 è proprietà dei barone Nicola di Grazia e solo nel 1788 ritorna direttamente al conte di Celano Don Sisto Sforza Bovadilla (Giustiniani 1797, 77- 78). Ultimo feudatario di Aielli fu Francesco Sforza Bovadilla, dato che nel 1806 con Gioacchino Murat furono aboliti i feudi in tutto il Regno di Napoli. La locale Università (Comune), nel XVIII e XIX secolo, si sostiene soprattutto con l'affitto degli "erbaggi estivi della montagna di Aielli" (Montagna Grande del Sirente) utilizzati dalle pecore e cavalli dei "locati" (grandi proprietari di greggi) pugliesi e marsicani di ritorno dai pascoli invernali pugliesi, mentre i terreni incolti della "Difesa" (Defensa) vengono utilizzati per il pascolo degli animali paesani (Di Pietro 1869, 155-156; Melchiorre 1984). Dal cinquecento e nei secoli successivi il paese dà i natali a vescovi, famosi abati celestini, medici, avvocati, governatori, storici ed astronomi: Pietro Jannetella Vescovo di S. Angelo dei Lombardi; Pietro di Aielli e Francesco Macerola abati superiori dei Celestini; Carlo Macerola, dispensiere del Cardinale Erba; il celebre chirurgo Paliani ed il medico Antonio Macerola; i dottori in Diritto Francesco Macerola e Giuseppe Di Pietro, importanti Governatori delle Province romane e napoletane; il famoso eroe del risorgimento italiano e deputato al parlamento italiano a Torino nel 1861, Enrico Berardi; il canonico-teologo e storico della Diocesi dei Marsi Don Andrea Di Pietro; il famoso astronomo Filippo Angelitti a cui il paese ha dedicato un monumento sulla nuova piazza. La seconda metà dell'ottocento, con la nascita del Regno d'Italia, vede il paese accrescersi, nel 1868, con una popolazione di 1718 abitanti: pur tuttavia l'economia locale va sempre più deteriorandosi soprattutto dopo il prosciugamento lacustre ad opera di Alessandro Torlonia che provoca lo spopolamento degli insediamenti montani e variazioni climatiche che mettono fine alla coltivazione dell'olio e della vite, dello zafferano, della ricca produzione di anice e di frutta aiellese. Il passaggio della ferrovia Avezzano-Sulmona nel 1888 provoca un lento spostamento delle genti verso il basso con la nascita del nuovo Aielli Stazione sul sito dell'antico abitato di Alafrano. Il terremoto del 1915 con le sue distruzioni del patrimonio edilizio e la morte di 205 abitanti, accentua questa discesa verso il piano fucense ed in età fascista, a segnalare l'accresciuta importanza del nuovo abitato, viene edifìcata nel 1937 in Aielli Stazione, per volere del prefetto Guido Letta, la bella ed imponente chiesa di S. Adolfo (ora S. Giuseppe) con il vicino Sacrario ai Caduti e la Casa Littoria (Amiconi 1987a). La nascita del nuovo Parco Regionale, il restauro del centro storico, lo sviluppo di nuove attività industriali e turistiche aiutate dal collegamento viario autostradale, sono ora la premessa per la rinascita della comunità aiellese sempre più aperta alla nuova realtà europea.